Kada je nastao Kotor, vjekovni kulturni, administrativni i privredni centar Boke Kotorske, teško je utvrditi, jer o tome nema pouzdanih podataka. Bez obzira što nedostaju pisani materijali, jamačno je, a to potvrđuje i obilje arheoloških istraživanja, da je u ovom kraju postojao niz naselja već desetak, ili čak i više, vjekova prije nove ere.
Arheoloska istraživanja u Spili, iznad Perasta, gdje su otkriveni ostaci neolitske keramike, u Grblju, gdje su pronađeni predmeti iz ranog bronzanog doba, arheološki nalazi u Špiljarima, te praistorijski crteži u Lipcima, dokazuju da je čitav ovaj kraj bio naseljen znatno prije nove ere. Centralno naselje Bokokotorskog zaliva u prošlosti bijaše današnji Risan. Antički Rhisinium u vrijeme Ilira i kasnije Rimljana bilo je najveće naselje zaliva, koji se tada, upravo zbog toga, i zvao Sinus Rhisonicus, a grčki mit kaže kako se grobovi Kadmosa, osnivača Tebe, i njegove žene Harmonije nalaze na području Krivošija, iznad Risna. Kasnije se, u dnu zaliva Sinus Catarum, počeo razvijati novi grad sa tim imenom, koji se prvi put spominje u djelu nepoznatog Ravenjanina u VII vijeku. Izvjesno je, međutim, da je ovdje znatno ranije postojalo naselje, današnje selo Špiljari, izvan gradskih bedema, a svakako su interesantni i podaci da se na širem području današnjeg Kotora nalazio i rimski grad Acruvium, čija lokacija ni do danas nije utvrđena, a nekoliko hipoteza ga smjesta na prostore između današnjeg Kotora i Grblja.
Po svemu sudeći, pred najezdom varvarskih plemena, stanovnici Acruviuma i okolnih naselja su bježali u, prirodnim utvrđenjima zaštićeni, Catarum, čime na mjestu današnjeg Kotora počinje da raste najutvrđenije naselje u Boki Kotorskoj. U VII vijeku slovenska plemena stižu ispred grada, a kasnije i ulaze u njega i otpočinju dugi period asimilacije i slovenizacije romanskog stanovništva u gradu.
U IX vijeku, tada mladi grad je morao izdržati dva teška napada; najprije je saracenski admiral Kalfun, predvodeći flotu od 36 brodova, razorio grad, koji se iznenadjujuće brzo oporavio od ovog ataka, a krajem X vijeka, prilikom pohoda na Dalmaciju, u grad prodire car Samuilo i pretvara ga u zgarište.
Da bi se grad zaštitio, trebalo je pored podizanja utvrđenja naći i zaštitnika grada. Neko vrijeme to bijaše Duklja, u doba kada je ova kneževina otpočela borbu za osamostaljenje od Bizanata. Kada su, međutim, vladari Duklje pokušali da ukinu neke od povlastica datih Kotoru, ovaj se opet priklonio Bizantu, i jedno vrijeme bio sjedište vizantijskog namjesnika za Dalmaciju i Duklju. Od 1180. do 1185. godine, Kotor bijaše samostalna gradska republika kojom je upravljao izborni knez. Sljedeći patron Kotora bio je hrvatsko-ugarski kralj Ljudevit Anzujski, koji se prihvatio protektorata, ne dirajući stare gradske samoupravne povlastice. On, međutim, nije pružio odgovarajuću sigurnost gradu, tako da ga je mletački admiral Vetor Pisani uskoro osvojio i opljačkao. U to vrijeme, Dubrovčani i zetska vlastela Balšici zauzimaju djelove gradske teritorije Kotora. Od 1391. godine Kotor, poslije kratkog perioda pod bosanskim kraljem Tvrtkom, postaje samostalna gradska republika. Bogat i geografski veoma značajan, grad neprekidno bijaše predmet osvajačkih interesovanja tadašnjih velikaša Balšića, Crnojevića i Hranića. Shvatajući da neće moći sami da se brane, Kotorani odlučuju 1420. godine da se stave pod zaštitu Venecije. U početku mletačke vladavine, Kotor ima velike privilegije, naročito u unutrašnjim poslovima; na čelu gradske uprave nalazi se knez, koga postavlja Venecija, ali njegovu vlast u znatnoj mjeri ograničava Veliko vijeće. Rezultat toga je i jedna od prvih buna, ne samo u ovom regionu već i na cijelom Balkanu, podignuta u Grblju, 1421. godine, dakle znatno prije poznate “Seljačke bune” Matije Gubeca. Kada su Kotorani sa svojom vojskom, u saglasnosti sa mletačkim vlastima, pokušali da silom od seljaka uzmu kmetska davanja, Grbljani su se pobunili i otkazali poslušnost kotorskim i mletačkim vlastima; buna je uspješno završila, jer su neki porezi smanjeni, a Grbljanima su posebnim ugovorom oproštena sva djela koja su učinili Kotoranima, izuzev ubistava. Oni, medjutim, brzo “zaboravljaju” ugovorene obaveze, i dvanaest godina kasnije dolazi do nove, znatno opasnije bune; Grbljane je ovaj put pomogao Sandalj Hranić, želeci da osvoji Kotor za sebe. Ovoga je puta Venecija intervenisala odlučnije, tako da su ustanici ostali bez ičije pomoći, a vodje ustanka i njihove porodice su prognane iz svojih domova. Nedugo zatim, kada je Stevan Vukić udario na Budvu i poharao je, Grbljani koriste situaciju i podižu treću bunu, ali se odbrani kotorskih interesa pored Venecije pridružuje i Stevan Crnojević, te buna biva ugusena a 33 vođe pobune obješeni.
Vremenom, međutim, Mlečani ograničavaju prava Kotora, posebno od sredine XVII vijeka, tako da od 1640. godine Kotor prestaje da kuje sopstveni novac.
U vrijeme svoje vladavine, Mlečani ulažu znatne napore da Kotor zaštite od neprijatelja. Podižu niz gradskih zidina, i vremenom njima okružuju cijeli grad. Turcima nikad nije pošlo za rukom da osvoje Kotor, što će reći da su gradska utvrđenja odigrala bitnu ulogu.
Propašću Mletačke republike Kotor potpuno gubi svoju autonomiju. Mirom u Kampoformiju, Boka je predata na upravu Austriji, ali samo osam godina kasnije opet mijenja gospodara i mirom u Pozunu biva pripojena Francuskoj. Rusija se ne slaže sa ovim, i interveniše svojom flotom, pod komandom admirala Dimitrija Senjavina. Rusima i Bokeljima se u borbi pridružuje i vladika Petar I Petrović, i oni prisiljavaju Francuze na povlačenje iz dijela Dalmacije. Ipak, ove žrtve se nijesu isplatile, jer o sudbini Boke ponovo odlučuju velike sile, i Tilzitskim mirom ona ponovo pripada Francuzima. Kuriozitet ovog vremena je zasijedanje Centralne komisije u Dobroti, 1813. godine, koja, pod predsjedništvom Petra I, formira zajedničku privremenu vladu Crne Gore i Boke, proglašavajući ujedinjenje ove dvije oblasti.
Poslije propasti Venecije, područje Grblja i dalje ostaje “nemirna zemlja”. Nakon mira u Kampoforniju, Grbljanima su ukinuta neka od njihovih prava regulisanih Grbaljskim statutom i nekim drugim propisima iz oblasti običajnog prava, te oni 17. septembra 1804. godine udaraju na tvrđavu na Trojici i opsjedaju sve puteve koji spajaju Kotor i Budvu. Ovaj ustanak je završen bez većih posljedica. Povod sljedeće bune, 1848. godine, bijaše izborni zakon po kome su samo imućni seljaci imali pravo glasa. Tada su Grbljani upali u Kotor i spriječili parlamentarne izbore; uskoro su zauzeli i slabo branjeni Tivat, nastojeći da pobune čitavu Boku, ali ipak nakon desetodnevnih pregovora biva postignut međusobni sporazum.
Nakon Francuza, na političku scenu u Boki stupa Austrougarska, koja ovim krajem vlada do 1918. godine. Ovaj period je karakterističan po potpunom ukidanju svih privilegija u upravljanju i osjetnom padu privredne moći ovog, do tada jednog od najbogatijih gradova na Jadranu. Cijelo to vrijeme okupatori nastoje da po svaku cijenu spriječe buđenje nacionalnih osjećanja i prodor socijalističkih ideja. Uprkos tome, prvu sindikalnu podružnicu formiraju bokeljski grafičari, 1907. godine, a nešto kasnije i drvodjeljski radnici i pekari. Jedan od zadataka ovih organizacija bijaše i širenje socijalističkih ideja i borba za politička i ekonomska prava radničke klase. Zanimljivo je da su sve podružnice kao svoj dan prihvatile 1. maj i redovno pratile socialjističku štampu.
Svojom zeštinom i posljedicama koje je izazvao, Bokeljsko-krivošijski ustanak 1869. godine se ističe iznad svih drugih sličnih događaja u istoriji Boke Kotorske, jer su se brojne austrougarske jedinice vratile poražene s krševitih Krivošija. Povod za ovaj ustanak bio je Zakon o opštoj vojnoj obavezi, po kome su vojni obveznici okruga kotorskog i dubrovačkog prestali biti oslobođeni vojne obaveze u domobranstvu. Narod ovog kraja je ustao protiv ograničenja sloboda, a poslije njihovog napada na jednu austrougarsku patrolu organizovana je prva ofanziva na ustanike, kojom je rukovodio feldmarsal-lajtnant Vagner, koji uskoro biva smijenjen, a na njegovo mjesto dolazi njegov kolega po činu, grof Auersperg. On organizuje drugu, obimniju i agresivniju ofanzivu, ali prolazi isto kao i njegov prethodnik. Ustanak se brzo širio i u drugim bokeljskim područjima: Brajići i Mainjani bijahu opsjeli tvrđavu Kosmač i Budvu, Pobori austrijsko utvrđenje Stanjevići, dok su Grbljani jurišali na Goraždu.
Ustanak je likvidiran mirom u Knezlazu, nakon što je Austrougarska ukinula odredbu o služenju u domobranstvu i ispunila još neke zahtjeve ustanika. Ova je pobuna imala veliki odjek među južnim Slovenima, a u političkom životu je dovela do afirmacije Narodne stranke.
Zaključenje mira u Knezlazu, na koji je Austrogarska bila prinuđena više zbog političke situacije i evropskog javnog mnenja nego zbog poraza svojih trupa, Beč je shvatio samo kao privremeno odlaganje uvođenja opšte vojne obaveze u Boki: u jesen 1881. godine, Austrija ponovo naređuje regrutaciju u cijeloj Boki. Predstavnici 16 bokeljskih opština ovoga puta odlučuju da se povinuju naredbi, ali ne i Krivošijani, koji dižu novi ustanak skupa sa Gornjim Orahovcem, Ublima i Poborima, ali austrijski komandanti, poučeni iskustvom iz prvog ustanka, ovoga puta lako gase pobunu.
Formiranjem Jugoslavije, krajem 1918. godine, Kotor nije došao u mnogo povoljniji ekonomski položaj. Pomorstvo, njegova glavna privredna grana, stagnira, a krize koje potresaju jugoslovensku ekonomiju između dva rata posebno pogađaju nejake bokeljske brodovlasnike, koji redom bankrotiraju.
